تدور أحداث مسلسل الكابتن حول حسام والي، وهو كابتن طيار يرتكب أثناء إحدى رحلاته الجوية خطأ غير مقصود، يتسبب في خلل يؤدي إلى سقوط الطائرة، بعد نجاته كونه الوحيد الذي نجا من الحادث، يفاجأ بظهور أرواح بعض الركاب الذين يطلبون منه المساعدة في إتمام بعض المهام العالقة التي لم يتمكنوا من إنجازها قبل وفاتهم، حيث تُصبح أرواحهم مُعلقة حتى تنفيذها.